Kota Jayapura terletak diantara 137°27' - 141°41' BT dan 1°27' - 3°49' LS. Wilayah Kota Jayapura oleh Samudera Pasifik di sebelah utara, Papua Nugini di sebelah timur, Kabupaten Keerom di sebelah selatan, dan Kabupaten Jayapura di sebela barat. Kota Jayapura memiliki luas 940 km2 dan merupakan wilayah terkecil dibandingkan dengan kabupaten/kota lainnya di Provinsi Papua. Kota Jayapura terbagi menjadi 5 distrik yaitu Muara Tami, Heram, Abepura, Jayapura Selatan, dan Jayapura Utara. 

Jumlah penduduk Kota Jayapura pada tahun 2016 sebanyak 288.786 jiwa yang terdiri dari 154.096 jiwa penduduk laki-laki dan 134.690 jiwa penduduk perempuan. Jumlah penduduk tahun 2016 mengalami kenaikan sebesar 1,87% dari tahun sebelumnya. Kepadatan penduduk di Kota Jayapura yaitu 307 jiwa/km2 dengan distrik terpadat yaitu Distrik Jayapura Selatan sebesar 1.740 jiwa/km2 dan Distrik Jayapura Utara sebesar 1.436 jiwa/km2. Berdasarkan kelompok umur, penduduk Kota Jayapura didominasi oleh kelompok usia produktif (15-64 tahun) sebanyak 69% dari total penduduk. Hal ini menunjukkan adanya potensi bonus demografi di Kota Jayapura. 

Berdasarkan sistem perkotaan nasional, Kota Jayapura ditetapkan sebagai Pusat Kegiatan Nasional (PKN) dan PKSN. Dalam RPJMN 2015-2019,  Kota Jayapura merupakan kota sedang yang berperan sebagai pusat pertumbuhan ekonomi, pusat pelayanan primer, dan hub untuk Pulau Papua dan Pulau Maluku dalam bentuk Pusat Kegiatan Nasional (PKN) serta sebagai pendukung pengembangan kawasan perbatasan negara. Pengembangan Kota Jayapura sebagai PKN difokuskan dalam pengembangan perdagangan dan jasa (outlet pemasaran produksi tanaman pangan, hasil hutan, logam, dan perikanan), industri (pengolahan pertanian, perkebunan, kehutanan, perikanan, dan pertambangan), serta dikembangkan sebagai transhipment point di Kawasan Timur Indonesia (KTI) dan pusat pelayanan administrasi pelintas batas negara (perbatasan Indonesia-PNG-Palau). 

Pengembangan kawasan strategis bidang ekonomi di Kota Jayapura dilakukan dengan memasukkan Kota Jayapura ke dalam Kawasan Pengembangan Ekonomi (KPE) Mamta bersama Kabupaten Memberamo Raya, Kabupaten Jayapura, Kabupaten Keerom, dan Kabupaten Sarmi. Fokus pengembangan KPE Mamta, yaitu:

• Peningkatan produktivitas di hulu, meliputi kelapa sawit dan cokelat
• Percepatan industrialisasi/hilirisasi, meliputi industri kelapa sawit, industri coklat, dan industri pariwisata Danau Sentani

Peningkatan konektivitas antara pusat-pusat pertumbuhan ekonomi di KPE Mamta didukung oleh rencana pembangunan beberapa ruas jalan diantaranya ruas jalan Jayapura-Wamena-Mulia, jalan ring road Kota Jayapura, ruas jalan Warumbaim-Taja-Lereh-Tengon, dan ruas jalan Depapre-Bongkrang. 

Berdasarkan RPJMN 2015-2019 Kota Jayapura termasuk ke dalam lokasi prioritas yang difokuskan dalam pengembangan Perdagangan dan Jasa (outlet pemasaran produksi tanaman pangan, hasil hutan, logam, dan perikanan), Industri (pengolahan pertanian, perkebunan, kehutanan, perikanan dan pertambangan), serta dikembangkan sebagai transhipment point di Kawasan Timur Indonesia (KTI) dan pusat pelayanan administrasi pelintas batas negara (perbatasan Indonesia-PNG-Palau).